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Die Schifffahrt spielt eine wichtige Rolle im Tourismus und beim Ausflugsverkehr. Die rund 150 Schiffe der eidgenössisch konzessionierten Schifffahrtsunternehmen befördern auf den Schweizer Seen, Flüssen und den Grenzgewässern rund 13 Millionen Passagiere pro Jahr. Auch die Sport- und die Freizeitschifffahrt ist auf Schweizer Flüssen und Seen populär. In der Schweiz sind heute rund 96'000 Sport- und Freizeitschiffe zugelassen. Im Güterverkehr spielt die Schifffahrt ebenfalls eine wichtige Rolle: Etwa 120 Güterschiffe transportieren jährlich rund 2,5 Millionen Tonnen Material auf den Schweizer Gewässern. Von besonderer Bedeutung für den Güterverkehr und die Landesversorgung ist die Rheinschifffahrt.
Das BAV regelt die Fragen des Schiffbaus, des Schiffsverkehrs und der Zulassung des nautischen Personals und entwickelt die Vorschriften bedürfnisgerecht weiter. Zudem nimmt es die Aufsicht über die eidgenössisch konzessionierte Fahrgastschifffahrt, d. h. die Kursschiffe auf den inländischen Flüssen, Seen und den Grenzgewässern wahr. Es prüft, ob die eidgenössisch konzessionierten Schifffahrtsunternehmen die geltenden Normen und Standards einhalten. Die übrige Schifffahrt wird durch die Kantone überwacht. Ansprechpartner für die Nutzer der Flüsse und Seen sind die kantonalen Schifffahrtsämter.
Das BAV wirkt zudem in den internationalen Schifffahrtskommissionen für den Genfersee, den Bodensee und die Tessiner Seen bei der Anpassung oder der Redaktion neuer Schifffahrtsvorschriften für die Grenzgewässer massgeblich mit. Für den Personen- und den Güterverkehr auf dem Rhein und für die Hochseeschifffahrt sind internationale Schifffahrtsabkommen massgebend. Vertreterinnen und Vertreter des BAV wirken in der Zentralkommission für die Rheinschifffahrt bei der Anpassung oder der Redaktion neuer Schifffahrtsvorschriften für den Rhein mit. Ansprechpartner für die Hochseeschifffahrt ist das Schweizerische Seeschifffahrtsamt.
